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5月17日，中國疾病預防控制中心病毒病預防控制所國家流感中心成功分離獲得了我國內地第一株甲型H1N1流感病毒，并于5月18日凌晨完成了對該病毒全基因組的序列測定，從而為甲型H1N1流感病毒診斷試劑、疫苗、分子流行病學、傳播機制等各項相關研究奠定了基礎。該基因組序列信息已提交全球公共序列數據庫（Genebank）和全球流感自發禽流感共享數據庫（GISAID），供全球科學家用以分析和監測甲型H1N1流感病毒。

據了解，該株甲型H1N1流感病毒是從我國首例輸入性甲型H1N1流感確診病例標本中分離的。自5月10日23時50分收到四川省疾病預防控制中心送檢的一份該患者咽拭子標本，國家流感中心連夜檢測，10小時后確定其為甲型H1N1流感病毒陽性。與此同時，國家流感中心采用細胞接種和雞胚接種兩種方法進行了病毒分離工作。通過連續兩次接種傳代，于5月17日獲得我國內地第一株甲型H1N1流感病毒。按照世界衛生組織病毒命名規則，將該病毒命名為A/sichuan/1/2009（H1N1）swl。其后，國家流感中心立即展開測序工作，于18日凌晨完成了該病毒全基因組的序列測定。經過初步序列分析比較，該分離病毒與美國分離的甲型H1N1流感病毒高度同源，表明為同一類病毒。序列耐藥性分析顯示，該毒株對神經氨酸酶抑制劑類藥物如達菲敏感，未產生耐藥性。